15. březen 1939 byl černým dnem i pro národní socialisty

Po obsazení zbytku útvaru zvaného Česko - Slovensko (pomnichovský název území českého státu) přešli představitelé národních socialistů do podzemí, aby tam organizovali protiněmeckou rezistenci. Rozptýlili se do třech hlavních odbojových organizací - Obrany národa, Petičního výboru věrni zůstaneme a Politického ústředí. Ta část národně socialistické politické garnitury, která se nezapojila do domácího odboje, trávila válku v londýnském exilu, kde vyvíjela úsilí zejména na odborném poli, spolupracovala například při přípravě a realizaci tzv. dekretů prezidenta Beneše apod., působila i ve Státní a Právní radě. Hovoříme například o H. Ripkovi. P. Drtinovi, F. Uhlířovi či V. Klecandovi.

Komunisty, sociální demokraty a národní socialisty postihla velká razie gestapa v rámci akce Gitter (mříže) v březnu 1939. Za oběť padlo kolem několik tisíc lidí. Další akce pak pokračovaly dál především z popudu K. H. Franka v roce 1941 a 1943 a měly vždy preventivní ráz, tak jak bylo Frankovi vlastní.

Národní socialisté nesli těžké břímě protinacistického odboje. Mezi popravenými byli například pražský primátor O. Klapka, senátorka a průkopnice ženského emancipačního hnutí F. Plamínková, poslanec J. Vaněk. Vězněna byla mimo jiné M. Horáková či V. Krajina. Koncentračním táborem prošli předseda poválečné národně socialistické strany P. Zenkl, G. Loubal, poslanec A. Čížek, odborář A. Vandrovec a mnozí další. Tito činitelé se po skončení války aktivně zapojili do budování válkou rozbité strany a stali se předními obhájci omezené demokracie v tzv. Třetí republice.

I když národní socialisté utrpěli během německé okupace citelné personální ztráty, v obnovené republice se našlo dostatek nadšených a vlastenecky smýšlejících členů, kteří pokračovali v tvůrčím rozvíjení národních a pokrokových tradic národně socialistické strany.